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# blastn
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> 뉴클레오타이드-뉴클레오타이드 BLAST.
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> 더 많은 정보: <https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279684/table/appendices.T.blastn_application_options/>.
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- 메가블라스트(기본값)를 사용하여 두 개 이상의 서열 정렬, e-value 임계값 1e-9, 쌍별 출력 형식(기본값):
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`blastn -query {{query.fa}} -subject {{subject.fa}} -evalue {{1e-9}}`
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- blastn을 사용하여 두 개 이상의 서열 정렬:
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`blastn -task blastn -query {{query.fa}} -subject {{subject.fa}}`
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- 사용자 정의 표형식 출력, 파일로 출력:
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`blastn -query {{query.fa}} -subject {{subject.fa}} -outfmt {{'6 qseqid qlen qstart qend sseqid slen sstart send bitscore evalue pident'}} -out {{output.tsv}}`
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- 뉴클레오타이드 쿼리를 사용하여 뉴클레오타이드 데이터베이스 검색, BLAST 검색에 사용할 스레드(CPU) 16개, 최대 10개의 정렬된 서열 유지:
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`blastn -query {{query.fa}} -db {{경로/대상/blast_db}} -num_threads {{16}} -max_target_seqs {{10}}`
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- 원격 비중복 뉴클레오타이드 데이터베이스를 뉴클레오타이드 쿼리로 검색:
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`blastn -query {{query.fa}} -db {{nt}} -remote`
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- 도움말 표시 (`-help`로 자세한 도움말 사용):
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`blastn -h`
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